Tout le monde passe de scriptaculous/prototype à YUI... effet de mode encore peut être..
YUI a le gros avantage d'être supportée par Yahoo, rien à ajouter donc quant à la garantie sur la durabilité et la qualité du développement..
vBulletin, un script payant va abandonner sa framwork maison pour prendre YUI à sa prochaine version.

J'ai utilisé mootools dans deux ou truc inspirés par phatfusion. pas mal, mais comme je ne suis pas un pro aussi, je ne m'avancerai pas trop sur les commentaires